特46条の２第２項の但書について質問があったのでお答えします。
特46条の２第２項但書は、出願日を遡及させない規定です。
特46条の２第２項本文は出願日を実用新案登録出願の出願時まで遡及させる規定になります。
しかし、全ての規定を遡及させてしまうと、手続ができなくなる場合があります。
例えば、仮に新規性喪失の例外の規定を新しく適用する場合、特30条第３項の規定が使えなくなってしまうからです。
（例えば特許出願の日から30日以内といっても、実用新案登録出願の出願日からは既に経過していることが多いです）
したがって、手続上出願日を遡及させないという規定であり、特44条第２項但書と同じ意味になります。
さて、ここで特46条の２第２項但書には、特44条第２項但書にない条文があります。
例えば、特48条の３第２項が規定されていますが、これは特48条の３第２項で「特許出願の日」という文言を使用しているために、規定されているものです。
これは、特46条の２の制度ができたとき、特48条の３も併せて改正され、そのときに「特許出願の日」という文言が追加されたものです。
特46条の２ができる前の旧特48条の３第２項は、以下のような規定になっています。
２ 第44条第１項の規定による特許出願の分割に係る新たな特許出願又は第46条第１項若しくは第２項の規定による出願の変更に係る特許出願については、前項の期間の経過後であつても、その特許出願の分割又は出願の変更の日から30日以内に限り、出願審査の請求をすることができる。（旧法）
したがって、「特許出願の日は遡及しないよ」というのを確認的に規定したものです。
