質問があったのでお答えします。
全て同一の方からです。
ご回答遅くなりました！
ゆうしゃ特許法2条1項1条の「物の発明」と、2条1項3号の「物を生産する方法の発明」が混同してしてしまって困っています。
例えば、「靴下」の侵害品があったとき、その靴下の侵害品は、2条1項1条の物の生産を実施したことによるものなのか、2条1項3号の物を生産する方法により生産したものなのか、どちらに該当するでしょうか？
また、その「靴下」を販売するという侵害行為があったときは、2条1項1条の譲渡行為のことをいうのか、2条1項3号の譲渡行為のことなのか分かりません。
視点（みるべきところ）が違っています。
まず侵害なので、「特許権」から見る必要があります。
特許権が例えば「靴下」であれば、物の発明に対する特許権です。
また、特許権が「靴下の生産方法」であれば、物を生産する方法の発明です。
この２つは、単純に言うと、例えば、クレームの最後の書き方で変わってきます。
なので、発明自体は１つであっても、特許の取り方（クレームの作り方）で変わってきます。
質問は。侵害被疑品だけで考えているので解らなくなっているのだと思います。
なお、特許権の発明特定事項を実施しているかどうかなので、特許権（特許発明）がない状態ではそもそも認定ができません。
ゆうしゃ特許異議申立の場合→特許権者側にしか参加できない（119条）
無効審判の場合は特許権者側（被請求人）にも、請求人側にも参加できるという理解であってますか？
また、もしそうならば、なぜ特許異議申立の場合と無効審判の場合で参加に違いがあるのでしょうか？
理解はあっています。
異議申立は当事者対立構造ではないことと、審理を迅速にするためです。
ゆうしゃこれ問 論文編（Ver24.2）
8.分割出願と29条の2
「Cは39条に該当して拒絶になる」と書いてありますが、Aは拒絶すべき査定が確定したので先願の地位を有さないので、Cを拒絶できないような気がしてしまうのですが、Cが39条で拒絶になるのはなぜでしょうか？
Ｂに基づいて39条で拒絶になります。
Ｂは分割出願ですので、出願日は遡及し、Ｃより先願となります。
ゆうしゃ過去問 [R2-商3-2]について
立体的形状からなる商標についての問題文ですが、この問題文のどこが間違っているのかが良く分かりません。
ちなみに［H28-商2-5］では、「立体的な標章を商品自体の形状とすることは、商品に「標章を付する行為」に含まれる。→○」という問題があるので、 [R2-商3-2]の問題文も○ではないかと考えてしまいます・・・。
★３つのレア問なので、現時点では気にしなくても問題有りません。
なお、R02の問題は役務に対する使用であり、役務について「生産」が条文上はありません。
ご質問のH28の問題は商品に対する使用ですので、問題が違います。
レア問ではなく、今はこれポンを完璧にして下さい。
ゆうしゃ⑤過去問［H29-商9-イ］について
この問題文が○なのは、商標法2条3項4号が、「～利用に供する物に標章を付したものを用いて役務を提供する行為」のみを使用として規定しており、輸入する行為が規定されていないから、という理解であってますでしょうか？
商標法2条3項2号では、輸入についても使用行為として規定しているのに、なぜこのホテルの寝具について自己の標章を付したものを輸入する行為は使用に該当しないのか、いまいちピンときません。
この問題も「商品」「役務」の考え方が定着していないと思われます。
役務の使用はサービス自体を提供する行為になります。
なので、「物」自体が使用に該当することは、役務ではありません。
多分、理解するのは時間がかかりますので、年内くらいに理解できたら十分だと思います。
ゆうしゃこれ問 論文編 特許 37 について
最後の拒絶理由に対して補正をし、その補正によって生じた拒絶理由は、「最後の拒絶理由」になるのでしょうか？
（通常、「最初の拒絶理由」の後、「最後の拒絶理由」の順番に拒絶理由通知は来ますが、「最後の拒絶理由」の後、「最後の拒絶理由」が来ることはあるのでしょうか？という意味です）
条文通りですので、補正より拒絶理由が生じていれば最後になります。
この辺は講義でも説明しているところです。
審査の流れ自体はかなり複雑になってしまうので、講義を再度ご視聴いただくか、
例えば、夏の道場等をご活用下さい。
ゆうしゃこれ問 論文編 特許 38 について
拒絶理由のある請求項の方を、補正することなくそのまま分割をしてしまうと、最初の拒絶理由通知＋50条の2の通知が間違いなく来ると思うのですが・・・来ない場合もあるということでしょうか？（分割出願すれば、審査官が変わるので来ない可能性がある、という意味でしょうか？）
テキスト文中の、「したがって、補正の制限以外の内容で権利化を図る場合には～・・・・新たな発明を特許請求の範囲に記載することができる。」の部分が理解できません。
ちょっと日本語がわかりにくいですね。
「補正をせずに」というのは原出願において補正をしないということです。
原出願で補正ができないために、補正をしないで、補正予定だった内容を分割出願すればいいよ！って感じの内容になります。
