引き続き回答していきます。
ゆうしゃ今年追加された商13条の2 これポン3「消滅時効の起算日は設定登録日or知ったときのいずれか遅いとき【追加】」ですが、条文（5項）では「…知った時」を「商標権の設定の登録の日」と読み替え準用する、とあります。単純に「（金銭的請求権の）消滅時効の起算日は設定登録日」とはならないのでしょうか？
使用の事実を知らなければ当然警告も打っていないので、そのような場合に起算日を遅らせる理由もないように思います。
補償金請求権、金銭的請求権についてですが、消滅時効は民法の原則から言うと「知ってから３年」になります。
しかし、これらの権利は登録後しか行使ができません。
登録前に警告してたら、登録迄３年以上かかったら権利行使できなくなります。
したがって、「登録から３年」と読み替えています。
しかし、例えば、補償金請求権であれば、仮に警告していなくても、相手が知っていれば行使できる場合があります。
したがって、登録後に「あいつやっていたのか！」と解る場合もあるので、原則通り「知ってから３年」も活かしています。
商標法の金銭的請求権については、警告必須なので、後から知るということはないです。
しかし、例えば、一度警告をした者が「止めました」と回答したにも関わらず、実は商標を使用していた（止めていなかった）という場合があります。
このような場合があるため、「知ってから３年」も残っています。
（なので、特許法とは異なり警告は必須です）
