特許法44条2項にて特許法が30条第3項の規定が除外されているのは、出願日が遡及してしまうと、遡及した出願日より30日の間に提出する証明書が提出できなくなってしまう場合があるからでしょうか？
その通りです。仮に遡及してしまうと、分割出願（子出願）で新規性喪失の手続ができなくなってしまうためです。
特許法44条3項で、提出すべき書類等の期限の話に触れておきながら、続く44条4項では、書類は提出されたものとみなすとなっています。なんとなく44条3項の意味がない無いような気がするのですが、私の理解はあっていますでしょうか？
仮に親出願で新規性喪失の例外の手続をしていた場合、子出願では44条４項の規定により手続は不要です。自動的に新規性喪失の例外の適用を受けられます。しかし、親出願で新規性喪失の例外の手続をしておらず、新たに子出願で新規性喪失の例外の適用を受けたい場合、子出願で手続をする必要があります。その場合、出願日が遡及すると不都合が生じるからです。
まとめると、通常分割出願では親出願で手続をしているので44条４項の規定により手続が不要です。しかし、親出願で手続をしていない場合、原則通り（子）出願で手続をします。書類が出せるように出願日を遡及させないとなっています。
まとめると、通常分割出願では親出願で手続をしているので44条４項の規定により手続が不要です。しかし、親出願で手続をしていない場合、原則通り（子）出願で手続をします。書類が出せるように出願日を遡及させないとなっています。
