最近少し暑くなってきませんか?
春はあっという間に過ぎ去ってしまったようです。
さて、質問があったのでお答えします。

特許の98条1項3号は、特許権又は専用実施権を目的とする質権となっていて、通常実施権の質権はありません。これは特許では通常実施権に登録制度がないから、という理解でいましたが、四法対照で勉強していたところ、商標にもないということに気がつきました。何故ですか?
特98条は登録することによって効力が生じることを規定している条文となります。
特許法においては、通常使用権自体が登録できなくなり、一般法の考え方に移行しました。
(なお、通常実施権に質権が設定できない訳ではありません)
さて、商標法についてですが、質権に関する規定は商34条になります。
通常使用権に対する質権の設定等は登録しなければ第三者に対抗することができません(同条2項)。
通常使用権に対する質権は、登録は効力発生要件ではなく、第三者対抗要件となります。